菏泽军科职业中等专业学校有两大特色
“传统文化正其心”，“军事管理塑其形”，这是菏泽军科职业中等专业学校的两大办学特色。
（一）传统文化正其心
中华优秀传统文化，博大精深，包罗万象，涵盖了科学、文化、道德、伦理等各种领域，对每个中国人皆有潜移默化、无所不及的深刻影响，对于加强和促进各个阶段、不同领域的整体教育、教学工作均有着重大意义。诚如习近平主席所言：“中华传统优秀文化是中华民族的血液及精神命脉，应该践行于社会主义核心价值观念中”。针对学校、学生的具体情况，学校聘请和组织中华优秀传统文化专家、老师，为学校量身打造了融汇了中华优秀传统文化精粹的、以“圣王师”课程体系为代表的独特课程体系，在广大师生中有效弘扬了中华民族传统文化、精神，拓展了师生的知识面，形成了更为多元、更易吸收的学校文化氛围，具有显著的育人之效、化人之功，促使学生培养爱国情怀、增强民族自豪感，使他们不断提高自身的道德修养，养成积极向上的生活态度、学习态度，形塑正确的三观、提升内驱力，增加智慧、提高思考问题的深度和广度，懂得感恩和回报，爱家知孝，从思想到行为皆有明显转变，逐渐成长成符合新时代要求的杰出青年和贡献社会、兴邦振国的有用之材、栋梁之材。我校在菏泽市传统文化促进会等组织、部门的密切关怀、指导下，成为菏泽市传统文化促进会等组织、部门重点打造的德育教学基地，从而大力有效的落实中央关于立德树人的教育任务，培养德才兼备的优秀人才。
（二）军事管理塑其形
古圣先贤素来重视对青少年进行各个方面的磨砺和锤炼、以使之立德明志、成为“修齐治平”之才。诚所谓：“自古雄才多磨难，从来纨绔少伟男”，“宝剑锋从磨砺出，梅花香自苦寒来”。针对青少年的心理特点和中职院校学生管理中普遍存在的问题，我校采用了准军事化的管理体制，将部队优良传统和严格的组织纪律引入学生的日常管理全过程。准军事化管理，与中华传统文化教学是相辅相成、相得益彰的，根据学生的实际情况，将管理中的原则性和灵活性有效结合，遵循“以训促管，训管结合，严在平时，管在经常”的理念，在职业教育和军事教育融合领域开拓出了自成特色、自具优势、成效显著、富有创新的育人模式，让普通职校、技校难以比拟。
学校为每个班选派优秀的军事教官，与班主任协同共育，教官和学员同吃、同住、同学、同训，科学督导、考评学生的文化课、专业课与实训课成绩，以优良的军事教学全面助推学生成长成才，“以军促学、以军促管、以军育人”的成效显著，广受社会各界人士关注与赞誉。